2011年2月，国家林业局、发展改革委、财政部、人力资源社会保障部印发了《关于继续组织实施长江上游黄河上中游地区和东北内蒙古等重点国有林区天然林资源保护工程的通知》。《通知》的印发，标志着天保工程二期建设的全面启动。根据《通知》精神，天保工程二期实施时间为2011年—2020年，主要目标任务是继续停止天然林的商品性采伐，加强森林保护和培育，加强公益林建设，采取不同经营措施增加森林植被。天保工程二期把培育森林资源、保护生态环境作为林区发展方式的着力点，以巩固天保工程一期建设成果为基础，以保护和培育天然林资源为核心，以保障和改善民生为宗旨，以调整完善政策为保障，加大投入力度，推进林区改革，提升发展能力，努力实现资源增长、质量提升、生态良好、民生改善、林区和谐。

天保工程二期与一期工程相比，政策进一步完善，更加注重以人为本。一是完善了社会保险补助政策。天保工程一期只对国有林业单位在职职工养老保险给予补助，每人每年约1270元；天保工程二期对国有林业单位在职职工养老、医疗、失业、工伤和生育等五项社会保险给予补助，每人每年约6226元。二是继续实施森林管护补助政策。天保工程一期对纳入管护范围的林地面积，中央财政给予每亩每年1.4元的管护费，全市每年管护费约为2064万元。天保工程二期，对国有林中央财政安排管护费每亩每年5元；对集体林，属于国家级公益林的，中央财政安排生态效益补偿费每亩每年10元，属于地方公益林的，中央财政每亩每年补助3元。全市每年管护费投资约为8107万元。三是继续实行公益林建设投资补助政策。天保工程一期中央财政对人工造林每亩补助240元，封山育林每亩补助56元，飞播造林每亩补助40元。天保工程二期中央财政对人工造林每亩补助300元，封山育林每亩补助70元，飞播造林每亩补助120元。四是新增了森林培育经营补助政策。该项建设内容为二期新增建设项目，天保工程二期中央财政对国有中幼林抚育每亩补助120元。